生物の分類(せいぶつのぶんるい)では、生物を統一的に分類する方法を説明する。分類学学名Category:分類学ウィキスピーシーズも参照のこと。

概説

知られている生物にはそれぞれ学名(属名+種小名または属名+種形容語)がつけられる。学名の前半は属名で、属とはごく類縁関係が近い種をまとめたものである。これらを分類してその分類グループに分類名をつけることが行われている。さらにこの分類を階層的に(小分類 >中分類 >大分類など)体系付けすることで、いろいろな生物グループ同士の類縁関係、ひいては進化の系譜を明らかにしようとする。

分類学は、それぞれの時代において、その当時までに判明した情報に基づいてできるだけ納得の出来るような分類の体系を模索し続けてきた。リンネの時代には形態を中心に、顕微鏡が使われるようになればそこから得られる情報をも利用し、生化学が発達すれば色素なども利用し、常にできるだけ納得のいく体系が探し求められた。そのため、分類体系は時代と共に変化しつつ、次第に正しい姿に近づいているものと考えられる。20世紀末には遺伝子そのものを参照する分子遺伝学の手法が取り入れられ、多くの分類群において大きな見直しが迫られている。したがって、このような体系は今後も変更を余儀なくされることがままあるはずである。

しかしながら、それぞれの時点において、どれかの体系を採用しなければ文章は作れない。そのため、Wikipediaはそれぞれの群で特定の体系を採用している。したがって、その記述が他の書籍等と異なる場合があること、どちらが正しいかの議論が困難な場合があることを記しておく。

現代的な系統分類について

生物に関する科学的知見が蓄積されるにつれ、生物の分類は何度も修正されたが、特に20世紀末の分子系統解析の成果により、大きな修正が図られた。本節ではこの分子系統解析の成果に基づいた現代的な系統分類について述べる。

生物全体の3ドメインへの分類

ドメイン

分子系統解析(の一つである16S rRNA系統解析)によって得られた大きな成果は、生物全体がドメインと呼ばれる3つの単系統群細菌(Bacteria)、古細菌(Archaea)、真核生物(Eukaryota))に分類される事がわかったことである[1][2][3][4][5]。これは、これまで「原核生物」と称されていた真核生物以外の生物群が実は細菌古細菌という2種類の系統に分かれていた事を意味する。また(後生)動物のような我々のよく知る多細胞生物はいずれも真核生物に属するが、単細胞生物は、細菌真核生物古細菌のいずれかのドメインに属する。

細菌(青字)、真核生物(緑字)、古細菌(赤字)の関係。左は古細菌を単系統とする説(3ドメイン系統樹)、右はエオサイト説。エオサイト説に従えば、古細菌は真核生物を除いた側系統群であるということになる。

エオサイト説

なお、真核生物は古細菌から進化したとする有力な仮説(エオサイト説)がある。この仮説を認めた場合、古細菌は側系統群で、真核生物と古細菌をあわせた全体が単系統群である事になる為、単系統群のみを分類群とする原則に従えば、3つのドメインにわけるよりも、「真核生物+古細菌」と「細菌」の2つに分けるほうが適切という事になる。しかし本稿では、2018年現在多くの学術書等で採用されている3ドメイン説を前提に話を進めるものとする。

従来の分類との関係

3ドメイン説とそれまでの説の関係を以下にまとめた:

リンネ
1735年
2界説
ヘッケル
1894年
3界説
ホイタッカー
1969年
5界説
ウーズ
1977年
6界説
ウーズ
1990年
3ドメイン説[6]
具体例[7]
  原生生物 モネラ界 真正細菌 細菌 大腸菌、放線菌、藍色細菌
古細菌 古細菌(アーキア) メタン生成菌好熱好酸菌
原生生物 原生生物 真核生物 藻類原生動物変形菌類
植物 植物 菌界 菌界 キノコカビ地衣植物
植物 植物 コケ類シダ類種子植物
動物 動物 動物 動物 無脊椎動物脊椎動物

上の表の「動物界」、「植物界」などに登場する「」という語は、生物の分類階級の一つで、3ドメイン説が登場するまでは最上位の分類階級として位置づけられていた。それに対し3ドメイン説ではまず生物全体を3つのドメインに分け、これらドメインよりも下位の分類階級として「界」を扱う。なお、日本の初等教育では3ドメイン説以前の二界説(2011年まで)ないし五界説(2012年以降)に基づいて生物の分類を説明している[8]

真核生物の大分類群

真核生物ドメイン内の大分類についても、 分子系統解析の成果に基づいた分類体系が提案・発表されている。 以下に国際原生生物学会による分類体系(Adl et al. 2012)の概観を表に示す[9]。 この分類体系では、入れ子状の分類群が定義され階層をなしているが、分類群に「界」や「門」といった階級は付与されていない。 真核生物ドメイン内の大きい(系統的)分類群はスーパーグループなどと呼ばれている。

スーパーグループ 下位分類、具体例

アモルフェア

Amorphea

オピストコンタ Opisthokonta ホロゾア Holozoa(後生動物襟鞭毛虫 など)
Nucletmycea真菌微胞子虫ヌクレアリアなど)
アメーボゾア Amoebozoa ツブリネア Tubulineaディスコセア Discosea原生粘菌(プロトステリウム目)Protosteliida変形菌(ホコリカビ類)Myxogastriaタマホコリカビ類古アメーバ類 ArchamoebaeProtosporangiidaMulticilia など
エクスカバータ

Excavata

メタモナス類 Metamonadaフォルニカータパラバサリアプレアクソスチラ
Discobaユーグレノゾアヘテロロボサジャコバ類 など)
マラウィモナス Malawimonas
ディアフォレティケスDiaphoretickes アーケプラスチダArchaeplastida 緑色植物 Chloroplastida緑藻植物陸上植物など)
紅藻 Rhodophyceae
灰色藻 Glaucophyta
SAR

Sar

ストラメノパイル Stramenopiles 不等毛植物褐藻珪藻ラフィド藻黄金色藻黄緑藻など)、 卵菌サカゲツボカビラビリンチュラ類オパリナ類ビコソエカ類 など
アルベオラータ Alveolata 渦鞭毛藻アピコンプレクサ繊毛虫 など
リザリア Rhizaria クロララクニオン藻有孔虫放散虫 など

なお、未だこれらのスーパーグループに分類できていない生物もあるが、表を簡単にする為、それらの生物に関しては省略した。詳細は 真核生物#新しい分類 を参照。

分類階級

伝統的に生物の分類群にはphylum/division)・綱・目・科 といった「階級」をつけて呼ばれることが多い。 これら伝統的な分類階級は、人が扱いやすくするための人為的なものである側面があることに注意する必要がある。ただし、さまざまな分野で伝統的な分類体系を系統学の知見を反映させた体系に組替える動きが盛んである。

以下では現時点で生物分類でほぼ一般的に使われている分類体系の枠組みを記述する。

和名 英名 ラテン語名 例:ヒト 例:ローズマリー 例:エノキタケ 例:大腸菌 例:A. ペルニクス
ドメイン: domain: regio: 真核生物 真核生物 真核生物 細菌 古細菌
: kingdom: regnum: 動物界 植物界 菌界 なし プロテオ古細菌界[注釈 1]
: phylum
/division
:
phylum
/divisio
:
脊索動物門
(脊椎動物亜門)
被子植物門 担子菌門 プロテオバクテリア門 クレン古細菌門
: class: classis: 哺乳綱 双子葉植物綱 菌蕈綱 γプロテオバクテリア綱 テルモプロテウス綱
: order: ordo: サル目 シソ目 ハラタケ目 エンテロバクター目 デスルフロコックス目
: family: familia: ヒト科 シソ科 キシメジ科 腸内細菌科 デスルフロコックス科
: genus: genus: ヒト属
Homo
ローズマリー属
Rosemarinus
エノキタケ属
Flammulina
エスケリキア属
Escherichia
アエロピュルム属
Aeropyrum
: species: species: H. sapiens R. officinalis F. velutipes E. coli A. pernix
  • 門は、動物学と細菌学ではphylum、植物学、菌類学ではdivision/divisioと使い分ける。
  • 中間的分類が必要なときの階級名は、その分類単位よりも上位の分類には、大 (magn-)・上 (super-) を、下位の分類には、亜 (sub-)・下 (infra-)・小 (Parv-) などの接頭語を各階級の頭につけて生成させる。
  • subfamily亜科)とgenus(属)の間をさらに細分する必要があるときは、tribe(動物では族、植物では連)を使う。
  • 属より上位の分類名には、植物・藻類・菌類については国際藻類・菌類・植物命名規約、動物・原生動物では国際動物命名規約、細菌・古細菌では国際原核生物命名規約で定められた規則的な接尾辞が付けられている。

    分類単位
    Taxon
    植物
    Plants

    Algae

    Fungi
    動物
    Animals
    細菌古細菌
    Bacteria, Archaea
    Division/Phylum -phyta -phyta -mycota    
    亜門 Subdivision/Subphylum -phytina -phytina -mycotina    
    Class -opsida -phyceae -mycetes   (-ia)
    亜綱 Subclass -idae -phycidae -mycetidae   (-idae)
    Order -ales -ales -ales   -ales
    亜目 Suborder -ineae -ineae -ineae   -ineae
    上科 Superfamily -acea -acea -acea -oidea  
    Family -aceae -aceae -aceae -idae -aceae
    亜科 Subfamily -oideae -oideae -oideae -inae -oideae(現在使用されていない)
    族(連) Tribe -eae -eae -eae -ini -eae(同上)
    亜族(亜連) Subtribe -inae -inae -inae -ina -inae(同上)

    分野によっては慣習的に、よく使われる語尾がある。たとえば、動物門の -zoa、綱の -morpha、目の -iformes、-ida、古細菌門の -archaeota などである。しかしこれらはルールではなく、例外が多い。原核生物では門の語尾を-aeotaに統一する提案が出されており、2018年以降に提唱された門はこの語尾を持つことが多い。

一般的分類例

原核生物

細菌(ドメイン:バクテリア)